Ugruntowały jego pozycję czołowego malarza na Malcie i, z wyjątkiem Francesco Zahry, nie musiał martwić się o potencjalnych rywali. Rzadko osiągał ponownie tak wysoki standard, a kilka jego późniejszych obrazów sakralnych, takich jak Madonna Łaskawa w Bormli lub Niepokalane Poczęcie ze św. Janem Chrzcicielem w Żebbuġ, to rozczarowujące dzieła.
Kolejnym znamienitym dziełem artysty jest Zwiastowanie Najświętszej Dziewicy (1748), które wraz z czterema bocznymi obrazami – Święty Piotr, Święty Paweł, Święty Karol Boromeusz oraz Święty Franciszek Salezy – powstało dla kaplicy pod tym wezwaniem w seminarium biskupim (dziś Muzeum Katedralne) w Mdinie. Wśród innych religijnych obrazów wykonanych przez Favraya podczas jego pierwszego pobytu na Malcie należy wymienić Apoteozę św. Barbary (1747) dla kościoła św. Barbary w Valletcie, Świętego Jana Ewangelistę dla kościoła parafialnego w Lii, Matkę Bożą Dobrej Rady z kościoła Matki Bożej Zwycięskiej w Valletcie.