Egzekucja W nocy z 16 na 17 lipca 1918 Jurowski kazał nadwornemu lekarzowi Jewgienijowi Botkinowi obudzić rodzinę, mówiąc mu, że w mieście jest niespokojnie i że trzeba przenieść wszystkich w bezpieczniejsze miejsce. Wszystkich zaprowadzono do piwnicy, a jednocześnie Jermakow nakazał kierowcy ciężarówki włączyć silnik, żeby zagłuszyć odgłosy strzałów. Wtedy Jurowski wprowadził katów do piwnicy, nakazał więźniom wstać i przeczytał postanowienie Rady Uralskiej:
Mikołaj spytał, co to ma znaczyć, po czym Jurowski powtórzył postanowienie i strzelił do niego, a następnie wszyscy zabójcy otworzyli ogień do byłego cara, trafiając również Botkina i służących. Strzelanina stawała się coraz bardziej chaotyczna, a dym coraz gęstszy. Aleksandra przeżegnała się, a Jermakow zabił ją strzałem w głowę. Gdy Maria próbowała uciec drzwiami z tyłu pomieszczenia, postrzelił ją w udo. Z powodu gęstego dymu i pyłu gipsowego Jurowski kazał otworzyć drzwi, żeby zabójcy mogli zaczerpnąć świeżego powietrza. W tym momencie martwi byli tylko Mikołaj, Aleksandra i dwoje służących. Po powrocie do izby Jurowski zabił Botkina strzałem w głowę. Następnie Jurowski i jego zastępca Grigorij Nikulin zaczęli strzelać do Aleksego, później Jermakow zaczął dźgać chłopca bagnetem. W końcu Jurowski zabił go strzałem w głowę.