Forbes przeniósł chruścielowca rdzawego do osobnego rodzaju Diaphorapteryx w 1893 po zaleceniu Newtona, jednak później przywrócił mu poprzednią nazwę. Pomysł bliskiego pokrewieństwa wodnika krzywodziobego i chruścielowca rdzawego został skrytykowany przez brytyjskiego paleontologa Andrewsa ze względu na brak innych blisko spokrewnionych gatunków występujących na obydwu wyspach, zaś niemiecki ornitolog Hans F. Gadow wyjaśnił podobieństwo między chruścielami paralelizmem ewolucyjnym.
Bazując na lokalizacji geograficznej i morfologii kości nosowych, amerykański ornitolog Storrs L. Olson zasugerował w 1977, że chruścielowce rdzawe były spokrewnione z ptakami z rodzajów Gallirallus, Dryolimnas, Atlantisia i Rallus. Chruściele dotarły do wielu oceanicznych archipelagów, co często prowadziło do specjacji i utraty lotności. Według Anthony’ego S. Chekego i Juliana Hume’a utrata większości struktur piór świadczy o długiej izolacji. Być może chruściele te wywodziły się z Azji, podobnie jak wiele innych maskareńskich ptaków.