A Pápai Református Kollégium közel félezer éves története során felívelő és hanyatló korszakok váltották egymást. Az 1531-ben alapított kis helyi iskola, amelyben csak tanítói vagy egyházi pályára készítették fel a tanulókat, híres kollégiummá nőtte ki magát: fénykorában az elemi iskolától az akadémiai szintig folyt Pápán az oktatás, a teológia mellett felsőfokú filozófiai, bölcsészeti, természettudományi és jogi karral is rendelkezett.
Az iskola nem tett különbséget társadalmi osztály vagy felekezeti hovatartozás szerint, tanulói között paraszti és nemesi származásúakat, illetve katolikusokat vagy izraelitákat is találunk. Számos Nyugat-Európát megjárt tanára révén folyamatosan kapcsolatban volt a külföldi egyetemekkel, így mindig a legújabb tudományos eredményeket adhatta tovább.
Amint a Jókai választotta „Istennek, hazának, tudománynak” jelmondat találóan összefoglalja, a kollégium keresztény szellemben, Isten és a haza szeretetére, hűségére nevelte tanulóit. A „Szabadon tenyészik” jelmondat szellemében az individuumot előtérbe helyezve, szabad légkörben segítette a diákok egyéni képességeinek kibontakozását. Az iskola az általános és klasszikus műveltségen túl olyan szellemi alapot nyújtott, úgy formálta diákjai jellemét és ízlését, ami a legmagasabb szintű tudományosságnak és művészetnek szolgált alapul. Emellett nem elhanyagolható a népoktatásban betöltött szerepe, nemcsak közvetlenül, hanem a kollégiumból kikerült, annak szellemiségét továbbadó tanítók révén is. Évszázados hagyománya van a tudatos és módszeres tehetségkutatásnak, az iskola legnevesebb tanárai maguk is pápai diákok voltak egykor.
A kollégium mindig nyitott volt az új eszmék iránt, hiszen maga is egy új tanítás, a reformáció szellemében jött létre. Jeles tanárai törekedtek a legkorszerűbb oktatási módszereket bevezetni, a legújabb tudományos eredményeket átadni diákjaiknak. A haladó szellemű tanárok nemegyszer saját feletteseik ellenvetései miatt voltak kénytelenek feladni újító munkájukat: Mándi Márton István és Tarczy Lajos filozófiaprofesszorokat azért támadták, mert elsőként terjesztették Kant és Hegel tanait Magyarországon. Az iskola a keresztényi értékek megőrzése mellett mégis mindig igyekezett haladni a korral. Amikor az újraindult gimnázium igazgatóját, Kálmán Attilát megkérdezték, hogy miért épp a gimnázium ad otthont egy számítástechnikai kiállításnak, azt felelte: „Mert tiszteljük a tradícióinkat”, majd a riporter meglepett tekintetét látva hozzátette: „Mert a Pápai Református Kollégiumban az is hagyomány, hogy nyitott a legújabb eszmékre, eredményekre.”A Pápai Református Kollégium évkönyve 1995-1997, Pápa, 1997, ISSN 1219-5340
Pápa a 16. században thumb|250px|right|Pápa a 16. század végén
Pápa a középkorban a térség központi települése, a Garay család uradalmi központja volt, 1430-ban vár is épült itt. Jelentős volt bortermelése és malomipara, a 16. század elején kereskedői országos vámmentességet kaptak. Mint minden mezőváros, Pápa is földesúri tulajdonban volt, de polgárai a falvak lakóinál nagyobb szabadságot élveztek: adóikat egy összegben fizették meg, robotolniuk nem kellett, a város életét pedig a választott tanács és a bíró irányította.
A reformáció terjedésében a város adottságain kívül két tényező játszott fontos szerepet: a török fenyegetettség és a földesurak támogatása. A mohácsi csata, különösen pedig Szigetvár 1566-os eleste után a Dunántúl jelentős része török megszállás alá került. Pápa a kiépülő új védvonal része lett, így az uralkodó érdekeltté vált abban, hogy a polgárok elégedettek legyenek saját helyzetükkel. Állami adót nem szedtek és a személyi szabadság is növekedett valamelyest. Várát megerősítették és megjelent a városban két, a földesúrtól viszonylag független társadalmi réteg: a nemesség és a végvári katonaság.
A város polgárai igyekeztek jogaikat megvédeni, erősíteni a földesurakkal szemben, akik pedig saját hatalmukat kívánták növelni. Az ellenség közelsége, illetve a 16. század végén a hároméves török megszállás azonban egyelőre elfedte az ellentéteket. Sőt a protestáns hitre térő lakosság még támogatóra is lelt a földesurakban: a Pápát 1528 és 1535 között birtokló Thurzó Elek országbíró, majd a birtokot tőle megszerző Enyingi Török Bálint maguk is rokonszenveztek a reformációval. A Török család a 17. század elejéig birtokolta Pápát és támogatta a kollégiumot.
Előzmények; az iskola alapítása Pápán már a reformáció előtt, de a 16. század elejétől mindenképpen működött egy plébániai iskola, akkor még természetesen római katolikus szellemben. A város akkori földesura, a későbbi magyar király, Szapolyai János 1510-ben „a parochiális ház mögött, a halastó partján egy jobbágy telket adományoz” a katolikus egyháznak, ezen a telken épült meg az az iskola, amely később a Református Kollégium első épülete lett.Tanulmányok Pápa város történetéből, Pápa, 1994. Kövy Zsolt: A református egyház szerepe Pápa város életében (1520-tól napjainkig)
A reformáció feltehetőleg 1518–1520 körül érkezett a városba a kereskedők révén, akik útjaikról nemcsak távoli városok portékáit, hanem az új szellemi irányzatokat is magukkal hozták. Az új tanok a katolikus papság körében is nyitott fülekre találtak – ez nem meglepő, hiszen a reformációt kezdetben nem új vallásnak, hanem a katolikus vallás megújulásának tartották. 1480-tól Pápán ferences rendi kolostor és iskola volt. Tóth Endre egyháztörténész szerint ferences szerzetes lehetett az a Bálint nevezetű pap (Török Bálint udvari papja), akit Pápa reformátoraként ismerünk, és aki később részt vett Debrecen megreformálásában is.Tóth Endre: A pápai református egyház története, Pápa, 1941
thumb|150px|right|Emléktábla a kollégium első épületének helyén, a pápai Ruszek közben
Az protestáns iskola alapításának pontos dátumát és az alapító(k) személyét nem ismerjük. Az 1531-es évszámra két forrás utal: a pápai Egyháztörténeti és Egyházművészeti Múzeumban őrzött kisharangon a Scholae reformatae Papensis 1531 („a pápai református iskoláé, 1531”) felirat olvasható. Bár a harangot később öntötték, ez az adat bizonyítja, hogy a régiek is ezt tartották az alapítás évének. A kollégium 1585-ben készült törvénykönyve pedig így ír: „nostri Maiores (…) per Annos 54 omni fere Lege scripta caruissent”, vagyis „a mi eleink (…) 54 éven át csaknem minden irott törvény nélkül voltak”,Régi magyar egyetemek emlékezete, Budapest 1995, 92. oldal innen visszaszámolva megintcsak az 1531-es évszámot kapjuk. Elfogadhatjuk tehát, hogy ekkor indult Pápán az oktatás az új tanok szellemében.
Az iskola első ismert tanítója Gyzdawith Péter volt. 1535-ben Nádasdy Tamáshoz, Sárvár protestáns földesurához intézett levelében így írta alá magát: „ludi magister et capellanus sed non papisticus”, vagyis „iskolamester és káplán, de nem pápista”.Pápai pedagógus lexikon Jól jellemzi a korai helyzetet, hogy Gyzdawith még maga sem tudja, hogy nevezze vallását, inkább körülírja, hogy ő nem a római püspök követője.
A Pápai Református Kollégium tehát – akár a sárospataki és a debreceni kollégiumok – nem újonnan alapított intézmény volt, hanem egy már működő iskolából alakult át, feltehetőleg hosszabb idő alatt, a lutheri tanok hatására. A ferencesek és a protestánsok egyháza és iskolája minden bizonnyal jól megfért egymás mellett, szakításra csak később, a wormsi birodalmi gyűlés és Luther száműzetése után került sor. A ferencesek csak 1560-ban hagyták el Pápát a protestáns Török család nyomására.
Az iskola első száz éve Kezdetben az iskola nyilván a lutheri tanok szerint működött, de mivel a reformáció egyszerre több forrásból jutott el Magyarországra, idővel a kálvinista tanítások is megjelentek. Sztárai Mihály, aki 1560-tól 1578-ig szolgált Pápán lelkészként, még Luther követője volt. A kálvinizmus a lelkész-nyomdász Huszár Gál (1574–75) és fia, Dávid (1576–85) pápai tevékenysége idején erősödött meg. 1585-ben Pathai István személyében kálvinista pap került a pápai szószékre; ekkor már a város is református volt. Erre az időszakra esik az 1543-as török ostrom és a város 1594 és 1597 közötti megszállása, ami némileg nyilván megakasztotta a reformáció terjedését, de jelentős törést nem okozott.
A kollégium 1585-ben írott törvényei kifejezetten kálvinista szellemiséget tükröznek. Ekkorra két tagozat működött, a hatéves középiskola és a két vagy hároméves teológia, tehát a kollégium elérte a főiskolai fokot. A nagy nyugati egyetemekkel azonban nem vált egyenrangúvá, címet ugyanis nem adhatott, ez látszik abból is, hogy a pápai diákok igyekeztek valamelyik külföldi egyemen továbbtanulni.
Az iskolát a földesúr, a pápai egyház és a városi tanács közösen tartották fenn és felügyelték. Támogatták a város polgárai is, általában terményekkel és élelmiszerrel, ritkábban anyagilag, esetleg hagyaték útján. A diákok egy része minden nap városi családoknál kapott ebédet (ne feledjük, ebben az időben Pápának gyakorlatilag a teljes lakossága protestáns). Ugyanakkor a tanulók maguk is hozzájárultak ellátásukhoz: az iskola énekkara temetéseken énekelt, a felsős diákok egyházi ünnepekkor kijártak a szomszédos falvakba prédikálni, a szegényebbek kétkezi munkát vállaltak a város határában. Mindemellett a kollégium meglehetősen szerény körülmények között működött.
Szervezeti felépítése A rektor Az iskolát a 16. században a rektor vezette, ez a mai igazgató tisztségének felel meg. A rektorok teológiát végzett, és rendszerint külföldi egyetemeken is tanult, széles és friss műveltséggel rendelkező emberek voltak. A kor szokása szerint a legjobb diákokat maga a kollégium küldte külföldi tanulmányútra és erre az időre anyagilag is támogatta őket. Amikor a végzett diák hazatért, átvette a kollégium vezetését, így folytonos volt a kapcsolat a nyugati egyetemekkel, és a kollégiumot mindig a legújabb tudományos eredményeket ismerő tanár irányíthatta.
A rektor megbízatása általában csak néhány évre szólt, mert helyébe érkezett egy újabb külföldről megtért diák, őt magát pedig Pápán vagy egy környékbeli faluban meghívták papnak, amit készséggel elfogadott. Akkoriban a lelkészi pálya ugyanis jóval jövedelmezőbb, ezáltal csábítóbb volt, mint a kollégium rektori széke.
A protestáns tanokat követő diákok külföldi úticéljai nyilván a reformáció központjai, Wittenberg vagy Genf voltak. Arról azonban nincs adat, hogy a pápai kollégium rektorai közül valaki e két egyetem egyikén tanult volna. Az egyik legnagyobb német protestáns központ, a heidelbergi egyetem tanulója volt Angyal (Seraphin) Pál, aki 1616 és 1618 között vezette a kollégiumot. A heidelbergi egyetem azonban 1622-ben, a harmincéves háború során elpusztult, ettől kezdve a leendő pápai rektorok jobbára a németalföldi egyetemeket látogatták, elsősorban az utrechtit, a frankenerit és a groningenit.
A tanmenet és az oktatók A középkori kollégiumok nem világi értelmiséget neveltek; elsősorban az egyházi, papi pályára igyekeztek felkészíteni diákjaikat. Ennek megfelelően a tananyag is vallásos tárgyú volt: latin, görög és héber nyelvet, valamint a felső tagozaton teológiát tanítottak, illetve az alsó tagozaton ennek megalapozásaként poétikát, dialektikát, retorikát és logikát. A latin természetesen kiemelt helyzetben volt, a tanulóknak pénzbüntetés terhe mellett tilos volt magyarul megszólalniuk még a szünetekben is. Így kívánták biztosítani a nyelv tökéletes elsajátítását.
A teológiát és altudományait a felső tagozaton a rektor maga tanította. Az alsóbb osztályokban köztanítók segítették munkáját, őket a legjobb felsős diákok közül, az úgynevezett coetusból választotta ki erre a feladatra. Szintén a felső tagozatos tanulók közül kerültek ki a magántanítók, akik egy-egy diákot tanítottak a rektor utasítására napi fél-háromnegyed órában. Tanári kar tehát nem volt, illetve a tanárok egyben diákok is voltak. (Ez a rendszer egyébként a 19. század közepéig fennmaradt.)