Македонскиот куп во фудбал 2003-04 било 12. издание на Купот на Македонија. Во оваа сезона шампион била Слога Југомагнат и си обезбедила место во првата квалификациска рунда во УЕФА Купот 2004-05.
Шеснаестина финале
Клуб Резултат Клуб Силекс 1:1 (2-4 пен.) Маџари Солидарност Македонија Ѓ.П. 1:0 11 Октомври Слога Виница 2:4 ПелистерГостивар1:3 ТиквешТурново 5:0 Кожув Малеш2:3 Брегалница Делчево Шкендија 79 2:0 Караорман Воска 0:9 Осогово Братство0:2 Победа Лозар 1:0 Башкими Пролетер 1:16 Вардар Борец 1:5 Напредок Беласица 3:1 КумановоРаботнички 4:0Влазрими Брегалница Штип 2:5 Цементарница Новаци 1:3 Слога Југомагнат
Осминафинале
Клуб Вк.резултат Клуб1 натпревар2 натпревар Македонија Ѓ.П. 4:7 Работнички 1:4 3:3 Напредок 4:2 Шкендија 79 3:11:1 Беласица2:5 Слога Југомагнат 2:2 0:3 Турново 0:2 Тиквеш 0:1 0:1 Маџари Солидарност 2:1 Пелистер 1:0 1:1 Осогово3:4 Лозар 2:0 1:4 Вардар 3:3 Цементарница 551:1 2:2 Брегалница Делчево 3:5 Победа 1:22:3
Четвртфинале
КлубВк.резултат Клуб 1 натпревар2 натпреварСлога Југомагнат4:3 Маџари Солидарност 2:1 2:2Вардар 2:3 Победа 1:1 1:2Напредок 4:2 Лозар3:01:2 Работнички3:1 Тиквеш 2:0 1:1
Полуфинале
Клуб Вк.резултат Клуб 1 натпревар2 натпреварПобеда 2:2 Напредок 2:1 0:1 Работнички 2:2 Слога Југомагнат 2:1 0:1
Финале
Куп на Македонија2003-04 Победник Слога Југомагнат 3татитула
2003/2004 Куп Куп