Македонскиот куп во фудбал 2000-01 било 9. издание на Купот на Македонија. Во оваа сезона шампион бил Пелистер и си обезбедил место во прелиминарната квалификациска рунда во УЕФА Купот 2001-02.
Шеснаестина финале Осминафинале
Клуб Вк.резултат Клуб1 натпревар2 натпревар Слога Југомагнат 2:1 Победа 2:0 0:1 Пелистер 5:5 Силекс 2:03:5 Работнички3:3(1-3 пен.) Шкендија ХБ 2:1 1:2 Беласица 7:1 Брегалница Штип6:0 1:1 Караорман 4:4 Борец3:0 1:4 Вардар7:0 Напредок 5:1 2:0 Алумина 2:4 Башкими1:01:4 Цементарница 55 8:0Маџари Солидарност 2:06:0
Четвртфинале
КлубВк.резултат Клуб 1 натпревар2 натпреварПелистер4:4 Вардар 2:1 2:3Беласица1:2 Слога Југомагнат 0:1 1:1Караорман 3:1 Цементарница0:03:1 Шкендија ХБ 4:1 Башкими2:0 2:1
Полуфинале
Клуб Вк.резултат Клуб 1 натпревар2 натпреварШкендија ХБ 0:6 Слога Југомагнат0:1 0:5 Пелистер 4:3 Караорман 1:2 3:1
Финале
Куп на Македонија2000-01 Победник Пелистер 1ва титула
2000/2001 Куп Куп