Od 308 tak jak i w innych prowincjach Cesarstwa administracja wojskowa została oddzielona od cywilnej. Cywilni namiestnicy prowincji byli nazywani hegemones (praesides), a w VI wieku archontes. Na czele administracji wojskowej stał urzędnik nazywany, w zależności od epoki, dux bądź comes rei militaris, którego terytorialne kompetencje zmieniają się, obejmując cały Egipt, zgrupowanie kilku prowincji bądź tylko jedną z nich. Justynian (527–565) usiłował znieść ten administracyjny dualizm łącząc funkcję wodza (dux) i prefekta Egiptu na północy oraz podporządkowując praesides wodzowi w Tebaidzie, gdzie utworzono urząd dux augustalis.
mały|left|Diecezja Egiptu na przełomie IV i V wieku Dioklecjan zakończył także długotrwały proces „municypalizacji” egipskiej administracji, znosząc podporządkowanie miast nomom. Odtąd nom był wiejskim terytorium ze swoim miastem stołecznym, rządzonym przez ludzi mianowanych spośród jego klasy radnych (bouletai, łac. curiales). Urząd stratega zniknął, zaś wiele jego obowiązków przejął logistes (łac. curator). Inne urzędy magistrackie jakie wówczas się pojawiły to syndikos (łac. defensor) z władzą sądowniczą, exactor zajmujący się podatkami oraz riparius odpowiadający za policję miejską.