W zamian Piłsudski otrzymywał środki finansowe, które przeznaczał na rozwój polskich organizacji strzeleckich.
thumb|Kapitan Zagórski ze sztabem 2. pułku piechoty Legionów Od sierpnia 1914 r. do czerwca 1916 r. został na własną prośbę oddelegowany do formowanych z udziałem Evidenzbureau Legionów Polskich w randze kapitana Sztabu Generalnego – zostając w ten sposób niejako zwierzchnikiem brygadiera Piłsudskiego, co stało się zarzewiem stałego antagonizmu. Kapitan Zagórski został szefem sztabu Komendy Legionów Polskich. W czasie gdy komendantem Legionów był gen. Karol Durski-Trzaska, Zagórski stał się faktycznym decydentem w sprawach Legionów, uzależniając sędziwego generała od swoich decyzji.
Wówczas pogłębiła się wzajemna niechęć zawodowego oficera wywiadu austriackiego Zagórskiego z pozbawionym wykształcenia wojskowego, obdarzonym szerszą wizją polityczną Piłsudskim. Od czerwca 1916 r. do lipca 1917 r. Zagórski był dowódcą 3. pułku piechoty II Brygady Legionów, gdy doszło do kryzysu przysięgowego, podczas którego opowiedział się on za złożeniem przysięgi, zachęcając do tego innych żołnierzy. Po latach twierdzono nawet, że prowadzonym na internowanie w Szczypiornie Polakom wygrażał: – „Szaleńcy!