W lutym 1938, będąc studentem ostatniego roku, został aresztowany przez NKWD i osadzony w Kriestach w ramach w ramach represji stalinowskich. Wraz z Lwem Gumilowem i został oskarżony o przynależność do młodzieżówki fikcyjnej Partii Postępowej, która, według śledczych, dążyła do obalenia ustroju socjalistycznego i przekształcenia kraju w republikę burżuazyjną. Elementem oskarżenia był także związek Szumowskiego z polskością. Za antyradziecką działalność został skazany na obóz pracy i spędził wiele lat w łagrach (m.in. w Kraju Krasnojarskim) oraz na zesłaniu. W czasie więzienia i zesłania Szumowski rozwijał swoje umiejętności lingwistyczne – opanował aż 22 języki. W 1939 r. karę łagru skrócono Szumowskiemu do pięciu lat. Po zwolnieniu, od 21 stycznia 1944 do 30 maja 1946 r. pracował najemnie jako kierownik działu dokumentacji, najpierw w filii obozu w Niżniej Pojmie, a następnie w Obozie Specjalnym nr 1.