W latach 60. i 70. XX wieku rozwój turystyki i odprowadzanie nieoczyszczonych ścieków powodowały wzrost obciążenia jeziora substancjami biogennymi. W 1974 roku Hallstatt, Obertraun i Bad Goisern utworzyły związek zajmujący się ochroną czystości wód. Ścieki z miejscowości nad jeziorem zaczęto odprowadzać przewodami lądowymi i podwodnymi do centralnej oczyszczalni w Bad Goisern.
Działania kanalizacyjne i ograniczenie dopływu fosforu doprowadziły do poprawy stanu ekologicznego jeziora. W austriackim krajowym planie gospodarowania wodami z 2021 roku oraz w raporcie środowiskowym Górnej Austrii z 2024 roku jego stan ekologiczny sklasyfikowano jako bardzo dobry.
Wzrost temperatury wód związany ze zmianami klimatu jest przedmiotem długoterminowych badań limnologicznych. Pomiary obejmują m.in. przebieg stratyfikacji, głębokość termokliny, okresy mieszania oraz wpływ zmian temperatury na skład gatunkowy ryb.
Flora i fauna Ze względu na dużą głębokość, strome brzegi i oligotroficzny charakter jezioro ma stosunkowo wąską strefę przybrzeżną. Roślinność wodna rozwija się głównie w płytszych zatokach, przy ujściach potoków oraz w północnej i południowej części zbiornika.