Początkowo osadnictwo skupiało się na wybrzeżu i w centrum, stopniowo rozprzestrzeniając się w głąb lądu. mały|Forteca Św. Jakuba - stan obecny|lewoZnaczny rozwój rybołówstwa na morzu w okolicy Sesimbry był możliwy dzięki udoskonaleniu technik połowowych, szczególnie za pomocą stałych instalacji rybackich rozmieszczonych wzdłuż wybrzeża. Wysokie zyski osiągane z tej działalności powodowały, że korsarze wielokrotnie atakowali instalacje, a Sesimbra nie była pod tym względem wyjątkiem. Dokument z 1655 roku, wydany przez radę wojny króla Jana IV, wspomina o ataku muzułmańskiej floty, składającej się z siedmiu statków i siedmiu łodzi, co skłoniło sierżanta majora miasta, Luísa Soaresa Barreto, do zwrócenia się o pomoc do króla. W XVI w., za króla Manuela I, na plaży w centrum miejscowości powstała Forteca Świętego Jakuba (port. Fortaleza de Santiago), której dzieje są ściśle związane z życiem miejscowości - najpierw służyła jako ochrona kotwicowiska, później zaczęła pełnić funkcje cywilne. 3 czerwca 1602 roku w Zatoce Sesimbry doszło do bitwy morskiej w trakcie wojny angielsko-hiszpańskiej, zakończonej zwycięstwem floty angielskiej i zniszczeniem fortecy.