17 października 1939 Armia Czerwona wycofała się z Tomaszowa Lubelskiego poza ustaloną 28 września 1939 w niemiecko-sowieckim traktacie o granicach i przyjaźni linię demarkacyjną. Wraz z nią na teren okupacji sowieckiej ewakuowali się działacze Rewkomu, w tym Włodzimierz Muś. Oprócz niego byli to m.in. Adam Humer, Olga Żebruń, Aleksander Żebruń i Walerian CiechaniewiczWojciech Hanus, Powiatowy Urząd Bezpieczeństwa Publicznego w Tomaszowie Lubelskim w latach 1944–1956 Rzeszów 2019 wersja zdigitalizowana s. 20.. Zamieszkał we Lwowie, gdzie pracował jako referent kancelarii w Radzie Związków Zawodowych.
W 1940, po otrzymaniu sowieckiego paszportu został zmobilizowany do Armii Czerwonej (28 Pułk Artylerii Ciężkiej w Leningradzie), gdzie ukończył podoficerską szkołę artylerii otrzymując stopień sierżanta. Po ataku Niemiec na ZSRR od sierpnia 1941 pełnił stanowisko instruktora w 40 Pułku Artylerii w Leningradzie. Stąd skierowany został do szkoły oficerskiej w Toksowie pod Leningradem. W grudniu 1941 został ranny pod Tichwinem. Po wyleczeniu służył w 719 pp wchodzącym w skład 67 Dywizji Strzeleckiej, która broniła odcinka frontu między jeziorami Onega i Ładoga. Wiosną 1943 został skierowany do formowanej 1 Polskiej Dywizji Piechoty im. Tadeusza Kościuszki.