Po wygraniu walki chirurgów z bólem nabrały ostrości kolejne poważne problemy. Josepha Listera bardzo poruszyła śmierć brata Johna w 1846 roku z powodu guza mózgu. Obaj bracia wcześniej przeszli ospę – chorobę śmiertelną dla ok. 1/3 zarażonych. Robert Liston zmarł w grudniu 1847 z powodu tętniaka aorty. W tymże roku zmarł również, wskutek zakażenia w czasie sekcji, anatom John Phillips Potter. W latach 1847–1849 Joseph Lister przeżywał załamanie psychiczne, spowodowane uczuciem bezsilności medycyny – myślał o oddaniu się duszpasterstwu. Powrót do medycyny ułatwiły podróże, które odbył kierując się ponownie wskazówkami ojca:
Pierwszym przełożonym Listera był , następca J. Pottera (od 1850 kierownik katedry chirurgii w University College Hospital), znany jako autor książek nt. chirurgii (m.in. The Science and Art of Surgery, On Hospitalism and the Causes of Death After Operations), jednak również ze swoich pesymistycznych błędnych opinii w sprawie jej ograniczeń. Jako rezydent Erichsena Lister obserwował i opisywał objawy licznych zakażeń szpitalnych (tzw. „hospitalizm” – „wielka czwórka”: róża, posocznica, gangrena szpitalna, ropnica). Obserwując ludzkie tkanki korzystał ze swojego mikroskopu, który nie był wówczas aparatem znanym i cenionym.