Dość kontrowersyjnym dla Nintendo była kwestia braku kompatybilności z Nintendo Entertainment System a wielu rodziców zarzucało japońskiemu przedsiębiorstwu naciąganie dzieci na kupno droższego sprzętu przy braku możliwości pozbycia się 8-bitowego oprzyrządowania.
W tymże okresie, w Stanach Zjednoczonych rozpoczęła się wojna konsol, czyli zaciekła rywalizacja producentów o klienta. Jako pierwsza zaczęła Sega of America, której nowy szef Tom Kalinske postanowił podnieść status japońskiego producenta po porażce poprzedniej konsoli, czyli Master System na amerykańskim rynku. To on stał za drastyczną obniżką cen, dodaniem bardziej przystępnego dla nastolatków Sonica do zestawu z konsolą w miejsce Altered Beast, którego nazwał "okultystycznym" oraz tworzeniem oprogramowania dla amerykańskiego klienta. Jeszcze przed premierą Super Nintendo, Sega wystartowała z kampanią "Genesis does what Nintendon't" sugerując chwytliwym hasłem wyższość 16-bitowego sprzęt nad 8-bitowym NESem. Po premierze 16-bitowej konsoli Nintendo hasło zmieniono na "Blast Processing" co miało sugerować znaczną szybkość Genesis i powolność SNESa. Ponadto Sega zdecydowała się wydawać wiele kontrowersyjnych gier jak Night Trap a port Mortal Kombat na Genesis kupiło dwa razy więcej nabywców niż ocenzurowaną wersję dla Nintendo.