Do czasu wybuchu II wojny światowej, liczba parafian zwiększyła się do około 4000.
II wojna światowa Po rozpoczęciu II wojny światowej, w pierwszych dniach walk doszło do przeszukania kościoła przez wojsko polskie, ponieważ z jego wieży miały być rzekomo dawane sygnały wojskom niemieckim. We wrześniu 1939 doszło również do internowania przez władze polskie wielu mężczyzn z parafii jako elementu niepewnego i uwięzienia ich w obozie w Berezie Kartuskiej. Część z nich zginęła podczas nalotu niemieckiego w okolicy Garwolina, co po wkroczeniu wojsk niemieckich zostało wykorzystane w celach propagandowych. Poinformowano, że nalotu dokonało lotnictwo polskie, a zwłoki zostały w 1940 ekshumowane i przeniesione na cmentarz ewangelicki w Iłowie.
16 grudnia 1939 doszło do aresztowania proboszcza Otto Wittenberga przez wojsko niemieckie, a następnie umieszczenia go w warszawskim więzieniu Pawiak. Prawdopodobną tego przyczyną było wykrycie i zgłoszenie przez niego przed wybuchem wojny organizacji hitlerowskiej działającej na plebanii, przygotowującej listy „niebezpiecznych Polaków”.
Ludność ewangelicka była z różnym skutkiem nakłaniana przez okupantów do podpisania volkslisty, czego odmowa skutkowała wysiedleniem.