Domen 130 upredene zavojnice jeprotein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC130. Dio je U4 / U5 / U6 tri-snRNP dijela U5. Ovaj tri-snRNP dolazi zajedno s drugim proteinima da bi stvorio kompleks B zrelog splajsosoma. Zreli protein iznosi približno 45 kilodaltona (kDa) i izuzetno je hidrofilan zbog abnormalno velikog broja nabijenih i polarnih aminokiselina. CCDC130 je visoko konzervirani protein, koji ima ortologne gene u nekim kvascima i biljkama, nađenim korištenjem nukleotidnih i proteinskih verzija osnovnog alata za lokalno poravnanje (BLAST) iz Nacionalnog centra za biotehnološke informacije. GEO profili za CCDC130 pokazali su da se ovaj protein sveprisutno eksprimira, ali najviši nivoi ekspresije nalaze se u T-limfocitima.
Aminokiselinska sekvenca Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MGERKGVNKYYPPDFNPEKHGSLNRYHNSHPLRERARKLSQGILIIRFEM PYNIWCDGCKNHIGMGVRYNAEKKKVGNYYTTPIYRFRMKCHLCVNYIEM QTDPANCDYVIVSGAQRKEERWDMADNEQVLTTEHEKKQKLETDAMFRLE HGEADRSTLKKALPTLSHIQEAQSAWKDDFALNSMLRRRFREKKKAIQEE EERDQALQAKASLTIPLVPETEDDRKLAALLKFHTLDSYEDKQKLKRTEI ISRSWFPSAPGSASSSKVSGVLKKLAQSRRTALATSPITVGDLGIVRRRS RDVPESPQHAADTPKSGEPRVPEEAAQDRPMSPGDCPPETTETPKCSSPR GQEGSRQDKPLSPAGSSQEAADTPDTRHPCSLGSSLVADYSDSESE
Funkcija Iako je funkcija CCDC130 specifična i još uvijek nepoznata, postojalo je nekoliko studija i istraživačkih radova koji su ga identificirali kao komponentu U5 dijela U4 / U5 / U6 tri-snRNP, koji pomaže u stvaranju kompleksa B ljudskog splajsosoma, zajedno sa kompleksom A. Kompleks B tada prolazi kroz više modifikacija i konformacijskih promjena, prije nego što postane zreli splajsosom. U jednoj studiji raspravlja se o očuvanju splajsosomskih komponenata, uspoređujući ljudski splajsosom sa kvaščevim. U ovoj studiji CCDC130 je kategoriziran kao poznati faktor prerade i njegov homolog u kvascu je Yju2. Ovaj protein kvasca je faktor prerade koji pomaže u formiranju cjelovitog, aktivnog splajsosoma i promovira prvi korak prerade RNK, koji uključuje cijepanje na 5' mjestu prerade prvog egzona. Na temelju ove informacije, vjerojatno je da CCDC130 ima sličnu ulogu u ljudskom splajsosomu, ali zbog njegove veće složenosti, ovaj protein može obavljati druge funkcije ili potpuno drugačiju funkciju. Zbog velikog broja mjesta fosforilacije, vjerovatno je da se ovaj protein aktivira i regrutuje u splajsosomni kompleks, fosforilacijom ili defosforilacijom (vidi posttranslacijske modifikacije). Budući da je ovaj gen sveprisutno eksprimiran 2,9 puta više od prosječnog gena, jasno je da ovaj protein ima sastavni dio u pravilnoj funkciji splajsosoma.
Gen Sinonimi Domen sa upredenom zavojnicom koja sadrži 130 aminokiselina ima nekoliko pseudonima, uključujući CCDC130, SB115, LOC81576 i MGC10471. 420px|Lokus i susjedstvo gena CCSC130
Lokus Kod ljudi, CCDC130 se nalazi na kratkom kraku hromosoma 19. Tačan lokus je 19p13.2. Čitav gen je konzerviran u rasponu od 13858753-13874106 na + lancu hromosoma 19. CCDC130 je uzvodno omeđen sa CACNA1A na – lancu, glatobuu, smaglyu i sochou na + poziciji, a nizvodno od MGC3207, C19orf53, ZSWIM4 na + lancu i joypaw, smeygly, floytobu, smaggly i wycho na – polulancu. Glatobu, smagly, socho, joypaw, smeygly, floytobu, smawgly i wycho su verificirani samo pomoću sekvenci cDNK i u GenBank i nemaju dostupne informacije o njihovoj funkciji. Postoji nekoliko malih gena koji se nalaze unutar CCDC130 sekvence, ružnih, glikobu, stiglnih i glartobua koji se javljaju na + lancu i chacho, zoycho, spogly, glotobu, glutobu, and sneygly koji se javljaju na – lancu. Svi ovi mali geni imaju izuzetno niske nivoe ekspresije (ispod 3% prosječnog gena), s tim što stiglno imaju najvišu ekspresiju od 2,8% prosjeka.
Promotor Pronađeno je nekoliko predviđenih promotora za CCDC130, pomoću ElDorada iz Genomatix-a, ali promotor koji odgovara najbližoj sekvenci proteina je 760-bazni i raspona od 13858094-13858853 bp, na hromosomu 19..
Homologija i evolucija Paralozi Postoji samo jedan identificirani paralog za CCDC130, a to je CCDC94, jedini drugi poznati ljudski član u CWC16 porodici proteina. Njih dva imaju oko 27% identiteta, od kojih se većina nalazi u domenu COG5134 i na C-kraju. CCDC94 ima tri predviđena serinska fosforilacijska mesta na pozicijama 213, 220 i 306, koja se poklapaju sa serinima u CCDC130 u poravnanju višestrukih sekvenci, i mesto fosforilacije treonina kojw se slaže sa fosforiliranim serinom u CCDC130.
thumb|280px| Neukorijenjeno filogenetsko stablo ljudskog CCDC130, bliski ortolozi i nekoliko udaljenih homologa.
Ortolozi i homolozi CCDC130 je visoko konzervirani protein, s prvim ortolozima u primata, drugih sisara, vodozemaca, gmizavaca, riba, pa čak i beskičmenjaka, poput insekata i morskih beskičmenjaka. Ortolozi za ptice nisu pronađeni u nukleotidnim ili proteinskim BLAST-ima Bilo je homolognih gena dokumentiranih u kvascima i drugim gljivama, kao i biljkama. Nejasno je kada je nastao najudaljeniji homolog CCDC130, ali to je bilo mnogo prije divergencije autotrofa i heterotrofa. Sekvenca Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (ilioni godina) Pristup Dužina sekvence Sequence (aa) Identitet (%) 1 Homo sapiens Čovjek N/A NP_110445 396 100 2 Saimiri boliviensis Vjeveričasti majmun 42,6 XP_003941759 396 94 3 Ailuropoda melanoleuca Gigantska panda 94,2 XP_002921062 392 88 4 Canis lupus familiaris Pas 94,2 XP_542031 397 87 5 Bos taurus Goveče 94,2 NP_001069812 400 86 6 Sus scrofa Divlja svinja 94,2 XP_003123393 398 86 7 Cricetulus griseus Kineski hrčak 92,3 XP_003501975 383 79 8 Mus musculus Miš 92,3 NP_080626 385 78 9 Sarcophilus harrisii Tasmanijsli đavo 162,6 XP_003760711 367 77 10 Anolis carolinensis Anola gušter 296 XP_003216443 373 62 11 Xenopus laevis Afrička pandžasta žaba 371,2 NP_001086365 384 61 12 Danio rerio Zebrica 400,1 NP_991158 390 56 13 Takifugu rubripes Pufer-riba 400,1 XP_003972319 379 65 14 Amphimedon queenslandica Spužva 716,5 XP_003388671 299 46 15 Culex quinquefasciatus Komarac 782,7 XP_001846118 329 53 16 Bombus impatiens Bumbar 782,7 XP_003485202 314 55 17 Caenorhabditis remanei Nematoda 937,5 XP_003094402 365 44 18 Schizosaccharomyces pombe Kvasac 1215,8 NP_595734.2 294 27 19 Cucumis sativus Krastavac 1369 XP_004135117 313 47
Konzervirane regije CCDC130 ima dva konzervirana domena i regiju sa zavojnicom. Prvi je domen COG5134 za koji se tvrdi da je konzerviran u krastavcima i vjerovatno ima ulogu u funkciji proteina jer je uvijek najkonzerviranija regija u bilo kojem višestrukom poravnanju sekvenci. Obuhvata približno prvih 170 aminokiselina u proteinu. Drugi domen je DUF572 domen, koji je eukariotski domen nepoznate funkcije koju dijele svi ortolozi i većina udaljenijih homologa. Ovaj domen nema definirani opseg, jer različiti izvori prijavljuju različite dužine; neki kažu da je riječ o cijelom proteinu. Područje upredene zavojnice sastoji se od 182-214 aminokiselina u ljudskom proteinu i bogato je nabijenim aminokiselinama. Modificirani ostaci su također vrlo dobro konzervirani.
Protein Najrasprostranjenija varijanta CCDC130 kodirana je drugom po dužini otvorenim okvirom ćitanja (ORF), što odgovara 396 aminokiselinskom proteinu molekulske težine 44,8 kDa i izoelektrične tačke 8,252. Protein CCDC130 bogat je napunjenim aminokiselinama, a ostatak mu je sa nabijenim, nepolarnim aminokiselinama. Mobyle @ Pasteur predvidio je da će CCDC130 biti izuzetno hidrofilan, zbog velikog broja nabijenih i polarnih aminokiselina, bez mjesta koja imaju bodove iznad nule na grafikonu hidrofobnosti, a neka mjesta dosežu i do –6 (F180). Postoji područje u domen upredene zavojnice (182-214) u kojima je nabijeno 14 od 18 aminokiselina. SAPS analiza je predvidjela da će ovaj protein biti nestabilan. Zbog svoje visoke hidrofilnosti, ovaj protein definitivno ne sadrži transmembranske segmente. framed|right| Proteinska sekvenca za glavni oblik CCDC130. Ovaj peptid dugačak je 396 aminokiselina, sadrži područje upredene zavojnice od 182-214, domen nepoznate funkcije (DUF572) i domen COG5134 u N-terminalnoj polovini thumb|280px| Varijante alternativne prerade of proteina CCDC130 u AceView, NCBI.
Varijacija Postoji 17 različitih iRNK proizvedenih iz gena CCDC130. Od njih je 13 iRNK iz alternativne prerade, a ostale četiri su bez takvih znakova. Postojala su četiri opisana alternativna promotora, pet alternativnih poliadenilacijskih lokacija i četiri alternativna zadnja egzona. Opisana su i dva slučaja zadržavanja introna. Iz gena CCDC130 identificirano je 14 različitih proteina, od kojih svi sadrže domen DUF572, ali čini se da samo pet pokazuje istezanje upredene zavojnice. Ostale tri iRNK bile su vrlo niskog kvaliteta i nisu translatirane. Također je primijećeno da ovaj gen može kodirati nekoliko proteina, koji se ne preklapaju. Nađeno je 45 jednonukleotidnih polimorfizama (SNP), dokumentiranih za CCDC130 na NCBI: 29 misens mutacija i 16 sinonimnih mutacija koje ne mijenjaju aminokiselinu.
thumb|280px| Koncepcijsta translacija aminokiselina 269-396 i 3 'UTR CCDC130. Plave oznake pokazuju mjesta fosforilacije, a ružičaste – nabijene aminokiseline.
Post-translacijske modifikacije CCDC130 je jako fosforilirani protein, s 31 različitim mjestima fosforilacije koje je predvidio NetPhos, a 26 od njih 31 nalazi se u C-terminalnoj polovini proteina. 17 od 22 serina, 4 od 6 treonina i dva od tri predviđena tirozina imali su ocjene vjerovatnoće preko 800, što ukazuje na veliku vjerovatnoću da su to prava mjesta fosforilacije. Predviđeno je šest sumoilacijskih mjesta, ali samo jedno od njih mjesto (K177) imalo je vjerovatnoću veću od .500, na .640. Fiziološka funkcija sumoilacije i dalje je relativno misteriozna, ali ova modifikacija može dodati značajnu količinu molekulske težine na protein (11 kDa). Predviđeno je 13 glikacija mjesta s ocjenom vjerovatnoće preko .500, a 10 od 13 gliciranih lizina u N-terminalnoj polovini proteina. NetOGlyc je predvidio 11 mogućih O-glikozilacija lokacija s ocjenom vjerovatnoće preko .500, a svih 11 se dogodilo u rasponu od 64 aminokiseline, od T313 do T376. Nekoliko od ovih mjesta bilo je predviđeno i kao mjesta fosforilacije i kao mjesta O-glikozilacije. Nije predviđeno da CCDC130 bude sulfatiran, acetiliran, miristoiliran, N-glikozilirani, C-manozilatiran, ili podvrgnut bilo kojoj GPI modifikaciji.
Sekundarna struktura U CCDC130 predviđa se dugačka sekvenca alfa-heliksa, od R121-A211, koju je predvidio YASPIN. Ostali programi za analizu sekundarne strukture, poput PELE, CHOFAS i SABLE, također su predviđali alfa helikse različitih dužina u ovom regionu. Nije bilo konzistentnih predviđanja za beta-listove u CCDC130.
Informacije o interakciji Navedeno je nekoliko proteina koji komuniciraju s CCDC130, uključujući EEF1A1, NINL, TRAF2, ZBTB16, ZNF165 i ZNF24. EEF1A1 je eukariotski faktor elongacije, koji je uključen u vezanje aminoacil-tRNK na A-mjesto ribosom tokom translacije. NINL je protein sličan devetinu, koji je uključen u organizaciju mikrotubula i ima aktivnost vezanja kalcijevih iona. TRAF2, tumor nekroznog faktora (TNF) s receptorom povezani faktor 2, dio je nekih kompleksa E3 ubikvitin-ligaza i uključen je u ubikvitinirajuće proteine kako bi se mogao razgraditi proteasom. ZBTB16, cinkov prst i protein 16 koji sadrži BTB domen, također su dio kompleksa E3 ubikvitin-ligaze i najvjerovatnije je uključen u prepoznavanje supstrata. Postoji i alternativni oblik CCDC130 gdje setranskribiraju samo 803, umjesto 1.433 baze, ali ne postoje dodatne informacije.